OK, varias cosas jeje (como que de hecho debería estar durmiendo xD).
Vamos por orden:
Tu teoría acerca del verbo 思う siendo una “excepción” y la partícula と teniendo otro significado está bastante acertada, pero no te lo voy a explicar aquí porque ya está explicado en la lección 27 (ahí vas a encontrar la respuesta a esa duda y más información al respecto).
「僕を死にたくないから、僕はアメリアが会います」 Esto está muy mal dicho en más de un sentido, si quisieras decir “No quiero morir porque quiero reunirme con Amelia”, sería: 「僕は死にたくない、アメリアと会いたいんですから」 o como me suena mejor: 「アメリアと会いたいから死にたくないんです」.
Para partir no puedes usar la partícula を de esa manera, ésa es la partícula de objeto directo, sería como decir “morir a alguien” o algo por el estilo (e.g quiero morirte, quiero morirlo, etc.), lo cual claramente no está para nada bien; lo que tú necesitas ahí es marcar el tema de la oracion (i.e. は).
Por otra parte la partícula が marca el sujeto de la oración, y en ese caso el sujeto (o tema) de la oración vendrías siento tú y no Amelia. Además de eso, no está conjugado como volitivo (i.e. debería ser 会いたい), por lo que tu oración vendría siendo como: “Porque no quiero morirme (como si fuera verbo transitivo), yo Amelia se va a encontrar” o algo similar. Si bien es cierto que la partícula が puede ser usada con la forma volitiva de los verbos por ser un adjetivo (e.g. 寿司が食べたい), en este caso es necesario declarar explícitamente el “tipo de interacción” que vas a tener con Amelia en relación con la acción especificada; en este caso usas la partícula と, lo cual expresa que te vas a juntar “con” ella.
Ahora bien, en cuánto a substituirla con la partícula で, lamento tener que ser el que te diga que eso me suena peor (xD). La parícula で expresa “con” cuando te refieres por ejemplo a con qué herramienta realizaste una tarea (e.g. escribí “con” mi lápiz), nunca con personas para indicar “compañía”; y lo otro que marca es el lugar (como に pero un poco más general), lo cual claramente no era tu intención en este caso.
「季節は次々死んでいく」 Esto lo traduciría algo como: “Las estaciones van pasando (una tras otra)” o literalmente: “Las estaciones van muriendo”. てくる y ていく son parte de la gramática del japonés, pero tampoco lo voy a explicar aquí ya que está bien documentado en la lección 11.
Por último en cuanto a preposiciones, hay hartas que puedes usar (e.g, 内, 中, 後, 前, 先, 上, 下, 外, etc.) Sólo que el の vendría antes y no después (の後).
Por ejemplo:
お腹の内に何かが暴れてるような感じがする (Siento como que algo se “revuelve” dentro de mi estómago).
家の前にはコンビニがある (Hay una “tienda de conveniencia” frente a mi casa)
その後で元に戻った物はない (Después de eso nada volvió a ser como antes)
etc.
Creo que algunas lecciones dan más información al respecto, y por supuesto puedes buscar en internet y usar diccionarios, por ejemplo el denshi jisho es muy bueno porque te deja ver oraciones de ejemplo para aprender a usar ciertas palabras o expresiones.
Espero te sirva;)
P.D.: ¿Qué quisite decir con 早い日? La verdad es que me suena bastante raro...