Hola
Como indiqué en la lección, el の se puede sustituir por ん porque es más fácil de pronunciar. Al colocar のだ en la 2da columna no me refería a que el な no existe, es que se puede decir がくせいなんだ o がくせいなのだ. Lo mismo aplica a todo lo demás.
En el caso de decir ''it's not late, is it'' ya no pasaría a usar la fórmula anterior, sería parafraseada usualmente como 遅くないね o 遅くないだろうね, aunque también es común 遅くないか?. Es algo raro que haya tanta diferencia entre afirmar y negar en tag question, pero suele suceder así.
También en la lección indiqué que los doble o triples negativos son comunes en japonés, por lo tanto es así el volver a colocar の luego de ya haber usado la partícula explicativa. Es normal y muy usado un んじゃないの, si buscas hits en Google, te encontrás que la construcción es habitual. Así como también lo es んじゃないのだ. Tómalo como mero énfasis explicativo.
ほなな~
PD: ほんとうにありがとうございました sólo se usa cuando ya has recivido el favor de la persona, el decir ''gracias de antemano'' es simplemente (どうぞ)よろしくお願いします